Учёные КФУ и сообщество «Хранители Голубых озер» провели три экспедиции на территории заказника. В ходе мониторинга обнаружено 10 новых для заказника видов, включенных в Красную книгу.

В первой экспедиции нашли шесть редких растений: пальчатокоренник Фукса, пушицу узколистную, росянку круглолистную, шейхцерию болотную, иву лапландскую и подбел многолистный.

Также подтвердили произрастание клюквы болотной и обнаружили живокость высокую. Кроме того, впервые в Татарстане зафиксирован ядовитый гриб волоконница Inocube pusio.

Во втором выезде нашли лишайник кладонию стройную, мох неккеру перистую и гриб исхнодерму смолистую. В третьей экспедиции обнаружили лисичку чернеющую. Также на территории заказника впервые открыли сфагновое болото — ценную природную «изюминку» Голубых озер.